Genom att använda omfattande eDNA-analyser i kombination med traditionella insamlingsmetoder, Japanska forskare har identifierat häckningsplatsen för kritiskt hotade fiskarter Acheilognathus typus i huvudströmmen av Omono-floden i Akita Prefecture, Japan. Fynden publicerades den 14 november i nätupplagan av Naturvetenskapen – Naturwissenschaften .

Att undersöka vattenlevande organismer är en lång och mödosam process, och att täcka ett brett område kommer också med höga kostnader. Environmental DNA (eDNA)-analys ger en lösning på dessa problem. I undervattensmiljöer som sjöar, reservoarer och floder, vi kan hitta fragment av DNA som driver i vattnet från avföring, hud eller någon annan källa till vattenlevande organismer. Analys av eDNA är särskilt effektiv för sällsynta arter som A. typus, vilket är svårt att hitta med traditionella undersökningsmetoder på grund av dess låga befolkningstäthet. I den här studien, forskargruppen genomförde en omfattande eDNA-undersökning följt av en traditionell samlingsundersökning för att hitta den nya häckningsmiljön för A. typus i Omonofloden, Akita prefektur, Japan.

Under tre dagar i augusti 2016 samlade teamet ytvattenprover från 99 platser, täcker 112 km av floden Omono, och extraherade eDNA från proverna. De mätte DNA:t med ett specifikt detektionssystem för A. typus. Efter det här, de placerade fasta nät och flaskfällor på platser där eDNA hade upptäckts och bekräftade förekomsten av vuxen fisk. Teamet använde också musslor (där A. typus lägger ägg) för att bekräfta att de häckade.

På de 99 platserna för floden Omono som undersöktes, A. typus eDNA hittades på två ställen, och på en av dessa platser fångade laget ett manligt och ett kvinnligt exemplar. Ägg hittades i musslorna på samma plats, så de kunde identifiera det som A. typus uppfödningsplatsen.

Dessa resultat visar att när det gäller kostnad och tillförlitlighet, en kombination av eDNA-analys och traditionella insamlingsmetoder är mycket effektiva för att identifiera livsmiljöer och häckningsområden för sällsynta arter. Metoderna kompletterar varandra:eDNA-metoden lämpar sig för kartläggning av stora områden, medan provinsamling är mycket tillförlitlig för att bekräfta arter. Denna kombination av metoder skulle kunna bidra till att bevara denna art genom att hitta fler häckningsområden och etablera skyddsområden. Den skulle också kunna användas för andra sällsynta och hotade arter med låg befolkningstäthet spridd över ett brett område.