• Home
  • Kemi
  • Astronomien
  • Energi
  • Naturen
  • Biologi
  • Fysik
  • Elektronik
  •  Science >> Vetenskap >  >> Biologi
    AlphaFold 3-uppgraderingen möjliggör förutsägelse av andra typer av biomolekylära system
    MSA-modul i AlphaFold 3. Kredit:Nature (2024). DOI:10.1038/s41586-024-07487-w

    Ett kombinerat team av medicinska forskare och AI-systemspecialister från Googles Deep Mind-projekt och Isomorphic Labs, båda i London, har gjort vad gruppen beskriver som avsevärda förbättringar av AlphaFold 2 som gör det möjligt för applikationen att förutsäga strukturen för en mängd olika av biomolekylära system mer brett och exakt. Den nya iterationen kallas AlphaFold 3.

    I deras studie publicerad i tidskriften Nature , gruppen använde diffusionstekniker för att göra förbättringar av den underliggande arkitektoniska modellen för applikationen för att möjliggöra mer allmänna förutsägelser.

    Den första versionen av det djupinlärningsbaserade AI-systemet AlphaFold släpptes för bara fyra år sedan och hyllades för sin förmåga att göra korrekta förutsägelser om strukturen hos proteiner med hjälp av sekvenser av aminosyror. Det har också hjälpt forskare att bättre förstå hur proteiner fungerar. AlphaFold 2 byggde på sådana funktioner och breddar de komplex som kan förutsägas.

    I denna nya iteration har forskargruppen gett applikationen förmågan att förutsäga biomolekylära system bortom proteiner. Det kan förutsäga till exempel ligander eller RNA- eller DNA-strukturer. De noterar att det till och med kan göra förutsägelser om strukturen av joner, nukleinsyror, andra proteiner och interaktioner mellan antikroppar och antigener.

    Enzym som finns i jordburen svamp. Kredit:Google DeepMind

    Dessa förmågor, noterar forskarna, gör det till ett användbart verktyg för upptäckten av nya läkemedel. Ett läkemedelsupptäcktsföretag (och DeepMind spinoff) använder redan det nya systemet för att göra just det.

    Förutom att göra förutsägelser om andra biomolekylära strukturer, hävdar forskargruppen att AlphaFold 3 också är mycket mer exakt än dess tidigare iterationer och dess konkurrenter. Men de erkänner också att det finns utrymme att växa:AlphaFold 3 har till exempel en kiralitetsfelfrekvens på 4,4 %. Det hallucinerar också ibland, vilket minskar utseendet på band.

    De noterar att arbetet kommer att fortsätta med AlphaFold-systemet eftersom teamet försöker förbättra noggrannheten och lägga till fler typer av system som det kan appliceras på. De planerar också att införa en rankningsstruktur för att hjälpa användare att göra bedömningar om resultaten från systemet.

    Mer information: Josh Abramson et al, Exakt strukturförutsägelse av biomolekylära interaktioner med AlphaFold 3, Nature (2024). DOI:10.1038/s41586-024-07487-w

    Journalinformation: Natur

    © 2024 Science X Network




    © Vetenskap https://sv.scienceaq.com