Antibiotika används vanligtvis inte för att skydda äpplen från eldsvåda. Istället kan baktericider som streptomycin eller oxytetracyklin användas. Det finns en risk att dessa föreningar förstör mikrober i trädets mikrobiomet. Mer forskning behövs dock för att förstå den fulla effekten av bakteriedödande medel på äpplemikrobiomet.