1. DNA-böjning: Proteiner kan inducera böjningar i DNA-dubbelhelixen, vilket kan avslöja dolda DNA-sekvenser. Detta kan uppnås genom proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och inducerar en konformationsförändring i DNA-strukturen, eller genom proteiner som binder till DNA-ryggraden och inducerar en böjning i DNA:t utan sekvensspecificitet.
2. DNA-looping: Proteiner kan föra avlägsna DNA-sekvenser nära varandra genom att slinga DNA:t. Detta kan uppnås genom proteiner som binder till två olika DNA-sekvenser och sammanför dem, eller genom proteiner som binder till en enda DNA-sekvens och inducerar en slinga i DNA:t.
3. DNA-smältning: Proteiner kan smälta DNA-dubbelhelixen, vilket kan avslöja dolda DNA-sekvenser. Detta kan uppnås genom proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och stör vätebindningarna mellan DNA-basparen, eller genom proteiner som binder till DNA-ryggraden och inducerar en konformationsförändring i DNA-strukturen som leder till smältning.
4. DNA-avveckling: Proteiner kan varva ner DNA-dubbelhelixen, som kan avslöja dolda DNA-sekvenser. Detta kan uppnås genom proteiner som binder till specifika DNA-sekvenser och lindar upp DNA på ett sekvensspecifikt sätt, eller genom proteiner som binder till DNA-ryggraden och inducerar en konformationsförändring i DNA-strukturen som leder till avveckling.
5. Andra mekanismer: Utöver dessa mekanismer kan proteiner även binda till dolda DNA-sekvenser genom andra mekanismer, såsom genom att interkalera mellan DNA-baspar, genom att binda till DNA-modifieringar eller genom att interagera med andra proteiner som är bundna till DNA.
Den specifika mekanismen genom vilken ett protein binder till dolt DNA beror på proteinets struktur och funktion, såväl som DNA-sekvensen och strukturen.
