1. Transkriptionsfabriker:
– Transkriptionsfabriker är nukleära fack där aktiv transkription sker. De innehåller höga koncentrationer av RNA-polymeras II, transkriptionsfaktorer och andra proteiner involverade i gentranskription.
- Transkriptionsfabriker interagerar med specifika regioner av kromosomer som kallas transkriptionsnav eller genkluster. Dessa nav kännetecknas av hög gentäthet och koordinatreglering.
– Interaktionerna mellan transkriptionsfabriker och kromosomer hjälper till att organisera och underlätta effektiv transkription av flera gener samtidigt.
2. Kärnsprickor:
- Kärnprickar är subnukleära strukturer berikade med splitsningsfaktorer för pre-messenger RNA (pre-mRNA) och små nukleära ribonukleoproteiner (snRNP).
- Kärnprickar interagerar med begynnande RNA-transkript när de kommer ut från transkriptionsställen. De tillhandahåller en plattform för pre-mRNA splitsning, där introner tas bort och exoner förenas för att bilda moget mRNA.
- Interaktionerna mellan kärnprickar och kromosomer underlättar bearbetningen och mognaden av RNA-transkript, vilket säkerställer produktionen av funktionellt mRNA.
3. Nuclear Matrix Attachment Regions (MARs):
– MAR är specifika DNA-sekvenser som binder till proteiner och bildar bindningar mellan kromosomer och kärnmatrisen.
- MARs interagerar med nukleära strukturer, såsom kärnskiktet, och hjälper till att organisera kromosomerna i kärnan.
– Interaktionerna mellan MAR och kromosomer bidrar till den rumsliga organisationen av genomet, vilket påverkar genuttryck och kärnarkitektur.
4. Chromatin Looping och Enhancer-interaktioner:
- Molekylära kluster kan fungera som nav för kromatinslingor och långväga interaktioner mellan regulatoriska element (förstärkare) och genpromotorer.
– Enhancers är DNA-sekvenser som styr genuttrycket på avstånd. De kan loopa och fysiskt interagera med promotorer för att förbättra eller undertrycka gentranskription.
- Molekylära kluster, såsom kärnprickar eller transkriptionsfabriker, kan fungera som plattformar där förstärkare och promotorer möts, vilket underlättar långväga regulatoriska interaktioner.
Sammanfattningsvis interagerar molekylära kluster i kärnan med kromosomer genom olika mekanismer, inklusive bildandet av transkriptionsfabriker, nukleära prickar, MARs och kromatinslingor. Dessa interaktioner bidrar till regleringen av genuttryck, RNA-bearbetning och organisationen av genomet inom kärnan.
