Temperatur: Temperaturförändringar kan förändra stabiliteten och konformationen hos RNA-molekyler. Högre temperaturer leder i allmänhet till ökad flexibilitet och konformationsförändringar i RNA-strukturer. Detta kan störa basparning och förändra den övergripande formen på RNA-molekylen. Till exempel kan stabiliteten hos sekundära RNA-strukturer, såsom hårnålsslingor och inre slingor, påverkas av temperaturförändringar, vilket påverkar tillgängligheten för vissa regioner av RNA-molekylen.
pH: Förändringar i pH kan påverka joniseringstillstånden för nukleotidbaserna i RNA, vilket leder till förändringar i laddningsfördelningen och molekylens övergripande form. pH kan påverka protoneringen eller deprotoneringen av specifika baser, vilket kan störa vätebindningsmönster och förändra RNA:ts molekylära struktur.
Jonstyrka: Omgivningens jonstyrka kan påverka de elektrostatiska interaktionerna inom RNA-molekylen och dess interaktioner med andra molekyler. Miljöer med hög jonstyrka kan försvaga de elektrostatiska interaktionerna mellan negativt laddade RNA-molekyler och positivt laddade joner, vilket leder till konformationsförändringar och potentiell utveckling av RNA-strukturen.
Ligander och små molekyler: Närvaron av specifika ligander, joner eller små molekyler kan binda till RNA-molekyler och påverka deras former. Dessa interaktioner kan inducera konformationsförändringar, stabilisera vissa strukturella element eller störa specifika RNA-interaktioner. Till exempel kan metalljoner binda till specifika nukleotider och stabilisera vissa RNA-veck, medan små molekyler som teofyllin har visat sig påverka den konformationella dynamiken hos RNA-strukturer.
Trängning i mobilen: Den trånga miljön inuti levande celler kan påverka RNA-veckning och struktur. Interaktioner med andra molekyler, såsom proteiner, lipider och andra RNA, kan påverka det konformationella landskapet för RNA-molekyler. Trängseleffekter kan modulera tillgängligheten för vissa RNA-regioner, ändra stabiliteten hos strukturella element och påverka den övergripande formen och dynamiken hos RNA-molekyler.
Ändringar efter transkription: Miljöförändringar kan också indirekt påverka RNA-former genom post-transkriptionella modifieringar. Modifieringar som metylering, pseudouridylering och adenosin-till-inosin-redigering kan förändra de kemiska egenskaperna hos RNA-molekylen, vilket påverkar dess vikning och strukturella stabilitet.
Att förstå effekterna av miljöförändringar på RNA-former är avgörande för att dechiffrera de komplexa interaktioner och regleringsmekanismer som uppstår i levande celler. Dessa förändringar kan påverka RNA-stabilitet, funktion och interaktioner med andra biomolekyler, vilket i slutändan påverkar olika cellulära processer, inklusive genuttryck, RNA-bearbetning och cellulär signalering.
