1. Viral genomsekvensering:
- Forskare sekvenserar hela virusgenomet av covid-19-prover som samlats in från patienter.
- Högkapacitetssekvenseringsteknologier, såsom nästa generations sekvensering (NGS), används för att bestämma virusets genetiska sekvens.
- Detta ger en omfattande förståelse av det virala genomet och identifierar specifika mutationer, insättningar eller deletioner som kan ha inträffat.
2. Fylogenetisk analys:
– Fylogenetisk analys innebär att konstruera evolutionära träd baserade på virala genomsekvenser.
- Genom att jämföra de genetiska sekvenserna av olika covid-19-prover kan forskare fastställa virusets släktskap och evolutionära historia.
– Detta hjälper till att spåra virusets geografiska ursprung och smittvägar.
3. Variantidentifiering:
– När covid-19-viruset utvecklas, dyker nya genetiska varianter upp.
- Forskare övervakar kontinuerligt för dessa varianter genom att jämföra virala genomsekvenser med referenssekvensen för den ursprungliga SARS-CoV-2.
- Varianter med betydande förändringar eller potentiell inverkan på virusbeteende, överföringsförmåga eller immunsvar betecknas som "varianter av oro" (VOC) eller "varianter av intresse" (VOI) för vidare undersökning.
4. Mutationsspårning:
– Genom genomisk övervakning spårar forskare specifika mutationer i det virala genomet över tid.
– Mutationer i vissa regioner av det virala genomet, som spikeproteinet, kan påverka virusets förmåga att binda till värdceller och undvika immunsvar.
- Övervakning av mutationer hjälper till att förstå de potentiella konsekvenserna för vaccinets effektivitet, diagnostiska tester och behandlingsstrategier.
5. Genomisk epidemiologi:
- Genomisk epidemiologi kombinerar viral genomsekvensering med epidemiologiska data.
- Genom att analysera den genetiska mångfalden och spridningen av covid-19-stammar i olika geografiska regioner kan forskare identifiera de faktorer som påverkar virusöverföring och spridning.
– Den här informationen stöder folkhälsointerventioner och inneslutningsstrategier.
6. Realtidsövervakning:
– Vissa forskargrupper och folkhälsomyndigheter har etablerat övervakningssystem som ger realtidsövervakning av covid-19s genetiska utveckling.
- Dessa system samlar och analyserar kontinuerligt virala genomsekvenser för att spåra nya varianter och informera folkhälsopolitik och beslutsfattande.
Genom att använda dessa genetiska spårningsmetoder strävar forskare efter att övervaka utvecklingen av covid-19, identifiera potentiella risker förknippade med nya varianter och bidra till de pågående ansträngningarna för att effektivt bekämpa pandemin.
