Samla in data :Samla DNA- eller proteinsekvensdata från en mångfaldig grupp av organismer, inklusive organismerna av intresse och några utgrupper för jämförelse.
Flersekvensjustering :Rikta in sekvenserna för att skapa en multipelsekvensjustering. Denna anpassning bör beakta ordningen och likheten mellan nukleotider eller aminosyror.
Välj en trädbyggnadsmetod: Välj en fylogenetisk trädbyggnadsmetod, till exempel Maximal Sannolikhet, Neighbor-Joining eller Bayesiansk slutledning. Varje metod använder olika algoritmer och statistiska metoder för att beräkna evolutionära samband.
Konstruera trädet :Använd den valda metoden för att konstruera det evolutionära trädet. Resultatet kommer vanligtvis att vara ett diagram eller kladogram som representerar förgreningsmönstren och evolutionära relationer mellan de studerade organismerna.
Bootstrap Analysis (valfritt) :Utför bootstrapping för att bedöma det statistiska stödet för grenmönstren i trädet. Bootstrap-analys samplar om data upprepade gånger för att skapa flera träd, vilket ger statistiska konfidensvärden (d.v.s. bootstrap-värden) för varje gren.
Root the tree :Identifiera och specificera trädets rot. Detta är vanligtvis en förfäders nod eller en utgrupp som representerar den senaste gemensamma förfadern till alla organismer i trädet.
Tolka trädet :Analysera förgreningsmönstren och längderna för att sluta sig till evolutionära samband, divergenstider och potentiella gemensamma förfäder. Identifiera clades (grupper av organismer som delar en gemensam förfader) och den evolutionära historien för de studerade arterna.
Förfina trädet (valfritt) :Om ytterligare data blir tillgänglig eller om olika parametrar används kan trädet förfinas eller uppdateras för att förbättra dess noggrannhet och upplösning.
