1. Terminal inverterade upprepningar (TIR):Många transposerbara element, såsom DNA-transposoner, har terminala inverterade upprepningar (TIR) i sina ändar. TIR fungerar som igenkänningssekvenser som är specifikt bundna av transposasenzymer. Transposaser kan känna igen och binda till TIR, vilket underlättar integrationen av det transposerbara elementet i värdgenomet.
2. Target Site Duplications (TSD):Vissa transposoner, såsom retrotransposoner, genererar målplatsdupliceringar (TSDs) vid integration. TSD är korta, direkta upprepningar som flankerar det införda transposerbara elementet. Transposaser involverade i retrotransposition kan känna igen och infoga det transposerbara elementet i regioner med specifika DNA-sekvensmotiv eller strukturella egenskaper som möjliggör effektiv integration.
3. Homology-Directed Repair (HDR):Vissa mobila DNA-sekvenser, särskilt retrotransposoner kända som LINEs (Long Interspersed Nuclear Elements), kan använda homology-directed repair (HDR) mekanismer för att hitta sina målställen. HDR möjliggör exakt integrering av DNA-sekvenser i specifika regioner av värdgenomet baserat på sekvenshomologi. LINEs kan använda sina egna interna sekvenser eller sekvenser från andra genomiska regioner som mallar för HDR, vilket möjliggör riktad insättning.
4. Target Priming:Vissa retrotransposoner, såsom SINEs (Short Interspersed Nuclear Elements), använder en process som kallas target-priming för insättning. Target priming involverar det omvända transkriptasenzymet från retrotransposonet som skannar värdgenomet efter specifika sekvenser, såsom tRNA-gener eller andra SINE-element. Det omvända transkriptaset använder sedan dessa sekvenser som primers för att initiera omvänd transkription av det transposerbara elementet, vilket leder till dess integration i den primerade platsen.
5. Kromatintillgänglighet:Tillgängligheten för kromatinregioner påverkar också inriktningen av mobila DNA-sekvenser. Transposasenzymer kan uppvisa preferenser för att integreras i öppna eller tillgängliga kromatinregioner, där DNA:t är mindre tätt packat. Detta möjliggör mer effektiv infogning och integrering av det transposerbara elementet i värdgenomet.
Det är viktigt att notera att målmekanismerna för mobila DNA-sekvenser kan vara komplexa och variera mellan olika klasser och familjer av transposerbara element. De specifika inriktningspreferenserna och mekanismerna kan också utvecklas över tiden, vilket bidrar till mångfalden och dynamiken hos insättningar av transposerbara element i värdgenomet.
