Mycobacterium tuberculosis, som alla bakterier, använder proteolys för att bryta ned onödiga, felveckade och skadade proteiner och peptider till grundläggande molekylära byggstenar - aminosyror. Det finns två väsentliga proteolytiska system (kända som ATP-beroende proteaser):ClpP-proteas och Lon-proteas. Var och en spelar en viktig och välkarakteriserad roll i bakteriell proteinkvalitetskontroll och virulenskontroll vid M. tuberculosis.