Den största skillnaden mellan eukaryoter och prokaryoter är att eukaryoter har en kärna och membranbundna organeller, medan prokaryoter inte har det. Ytterligare skillnader inkluderar:

- Storlek:Eukaryoter är vanligtvis större än prokaryoter.

- Komplexitet:Eukaryoter är mer komplexa än prokaryoter, med en högre organisationsnivå.

- DNA:Eukaryoter har sitt DNA organiserat i flera kromosomer, medan prokaryoter har en enda cirkulär kromosom.

- Reproduktion:Eukaryoter förökar sig sexuellt, medan prokaryoter fortplantar sig asexuellt.

- Energiproduktion:Eukaryoter producerar energi genom aerob andning, medan prokaryoter kan producera energi genom antingen aerob andning eller fermentering.

- Rörlighet:Eukaryoter kan vara mobila eller fastsittande, medan prokaryoter vanligtvis är rörliga.

- Habitat:Eukaryoter kan hittas i alla miljöer, medan prokaryoter finns i ett bredare utbud av miljöer, inklusive extrema miljöer.

Närvaron av en kärna och membranbundna organeller anses vara ett stort evolutionärt framsteg som gjorde det möjligt för eukaryoter att bli mer komplexa och mångfaldiga än prokaryoter.