De individuella säckarna som bildas av mitokondriernas inre membran i prokaryota och eukaryota celler kallas cristae. Dessa är hyllliknande strukturer som projicerar in i mitokondriella matrisen. Cristae ökar ytan på det inre membranet, vilket är nödvändigt för cellandning. Den mitokondriella matrisen är det utrymme som omges av det inre mitokondriella membranet. Den innehåller mitokondriellt DNA (mtDNA), ribosomer, enzymer och andra molekyler som är nödvändiga för mitokondriell funktion.