Prokaryota celler varierar i storlek, men de är vanligtvis mycket mindre än eukaryota celler. Den genomsnittliga prokaryota cellen är cirka 1-10 mikrometer (µm) lång och 0,5-2 µm bredd. Som jämförelse är den genomsnittliga eukaryota cellen cirka 10-100 µm lång och 10-100 µm bredd.

Några av de största prokaryota cellerna finns i bakteriesläktet Epulopiscium, som kan nå längder på upp till 750 µm. De minsta prokaryota cellerna finns i det arkeala släktet Nanoarchaeum, som kan vara så litet som 0,1 µm i diameter.