Kromosomer bestämmer en individs fenotyp eftersom de innehåller generna som kodar för individens egenskaper. Gener är segment av DNA som ger instruktioner för en organisms utveckling och funktion. Varje kromosom bär flera gener, och kombinationen av gener på en kromosom bestämmer individens fenotyp.

Till exempel är genen för ögonfärg lokaliserad på kromosom 1. Om en individ har två kopior av den bruna ögongenen kommer de att ha bruna ögon. Om en individ har en kopia av genen för bruna ögon och en kopia av genen för blå ögon, kommer de att ha nötbruna ögon. En individs fenotyp är resultatet av interaktionen mellan alla gener på deras kromosomer.

Förutom gener innehåller kromosomerna även andra DNA-sekvenser som är involverade i att reglera genuttryck. Dessa sekvenser kan slå på eller stänga av gener, och de kan också kontrollera hur mycket av ett protein som produceras. Det betyder att en individs fenotyp också kan påverkas av hur deras gener regleras.

Studiet av kromosomer och gener kallas genetik. Genetik är ett komplext område, men det är viktigt för att förstå hur individer ärver sina egenskaper och hur dessa egenskaper uttrycks.