I samband med restriktionsenzymer är ett palindrom en sekvens av nukleotider som läser samma framåt och bakåt på båda DNA-strängarna. Dessa palindromiska sekvenser fungerar som igenkänningsställen för specifika restriktionsenzymer, som är proteiner som klyver DNA-ryggraden vid eller nära deras målsekvenser.

Varje restriktionsenzym känner igen och skär vid en specifik palindromsekvens. Till exempel binder det vanliga restriktionsenzymet EcoRI till och klyver den palindroma sekvensen 5'-GAATTC-3'. De två DNA-strängarna kommer att ha följande komplementära sekvenser på EcoRI-stället:

Övre tråd:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Nedre tråd:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

Palindromen är tydlig i de komplementära sekvenserna. När DNA klyvs av EcoRI kommer de två resulterande klibbiga ändarna också att vara palindromiska, vilket möjliggör enkel ligering till andra restriktionsfragment med kompatibla överhäng.

Dessutom klyver vissa restriktionsenzymer DNA-strängen inom igenkänningssekvensen, medan andra skär några nukleotider bort från stället. Denna egenskap leder till antingen trubbiga ändar eller sammanhängande ändar (även känd som "klibbiga ändar") vid matsmältning, respektive. Att förstå palindromigenkännings- och klyvningsmönstret för restriktionsenzymer är avgörande för att manipulera och analysera DNA i genteknik och biotekniska tillämpningar.