Det var dock Charles Darwin som utvecklade evolutionsteorin genom naturligt urval. Medan Darwin inte använde den exakta frasen "överlevnaden av de finaste", är hans teori grundläggande baserad på idén att individer med egenskaper som är bättre lämpade för deras miljö är mer benägna att överleva och reproducera, och överför de fördelaktiga egenskaperna till deras avkommor.
Så medan Spencer populariserade frasen, är Darwins teori om naturligt urval grunden för begreppet överlevnad av de finaste.