* Struktur: Puriner (adenin och guanin) har en dubbelringstruktur, medan pyrimidiner (cytosin och tymin) har en enkelringstruktur.
* vätebindning: De specifika formerna av puriner och pyrimidiner gör det möjligt för dem att bilda stabila vätebindningar med varandra. Adenin (a) bildar två vätebindningar med tymin (T), och guanin (g) bildar tre vätebindningar med cytosin (C).
* Utrymme: Om två puriner försökte para, skulle de vara för skrymmande och skulle inte passa in i DNA:s dubbla spiralstruktur.
Därför kan puriner endast para med pyrimidiner i DNA och RNA. Detta kallas Chargaffs regel , som säger att mängden adenin alltid är lika med mängden tymin, och mängden guanin är alltid lika med mängden cytosin.