1. en kärna: Protister är eukaryoter, vilket innebär att de har en verklig kärna som omsluter deras DNA. Bakterier är prokaryoter, och deras DNA är belägna i en region som kallas nukleoiden, som inte är innesluten av ett membran.
2. Organeller: Protists har olika membranbundna organeller, såsom mitokondrier, Golgi-apparat och endoplasmatisk retikulum. Dessa organeller ansvarar för att utföra specifika funktioner i cellen. Bakterier saknar dessa komplexa organeller.
Även om det finns några undantag (t.ex. har vissa bakterier membranbundna strukturer som liknar organeller), i allmänhet definierar närvaron av en kärna och andra membranbundna organeller egenskaper som skiljer protister från bakterier.
