Protozoer klassificerades traditionellt som ett filum inom kungariket Protista, men ny forskning har visat att de är en polyfyletisk grupp , vilket betyder att de inte delar en enda gemensam förfader. Detta innebär att de inte är en naturlig gruppering och har omklassificerats till olika fila baserat på evolutionära relationer.
I stället för en enda filum är protozoer nu spridda över flera olika fila inom kungariket Protista, inklusive:
* amoebozoa: Amoebas
* foraminifera: Foraminiferaner
* ciliophora: Ciliater
* apicomplexa: Apikomplexer
* Radiolaria: Radiolärer
* diplomonadida: Diplomonader
* parabasalida: Parabasalider
Så det finns inget enda vetenskapligt namn för "Phylum Protozoa" eftersom det inte längre är ett giltigt filum i modern klassificering. Istället är de olika grupperna som tidigare klassificerats som protozoer nu spridda över flera olika phyla inom kungariket Protista.
