Här är en uppdelning av förhållandet mellan agaroskoncentration och gelegenskaper:
Hög agaroskoncentration (t.ex. 2%):
* små porer: En högre agaroskoncentration skapar en stramare gel med mindre porer. Detta är idealiskt för att separera mindre DNA -fragment (under 1000 bp) eftersom mindre molekyler lättare kan navigera i de trånga utrymmen.
* högre upplösning: Mindre fragment kommer att migrera tydligare på grund av den mindre porstorleken, vilket resulterar i skarpare band.
* långsammare migration: Molekyler måste pressa genom stramare utrymmen, vilket leder till långsammare migrationshastigheter.
Låg agaroskoncentration (t.ex. 0,5%):
* stora porer: En lägre agaroskoncentration skapar en lösare gel med större porer. Detta är idealiskt för att separera större DNA -fragment (över 10 000 bp) eftersom större molekyler lättare kan passera genom porerna.
* lägre upplösning: Större fragment kanske inte är lika separerade på grund av den större porstorleken, vilket leder till mindre distinkta band.
* snabbare migration: Större molekyler rör sig genom gelén snabbare på grund av mindre motstånd.
Att välja rätt koncentration:
Den ideala agaroskoncentrationen beror på storleken på molekylerna du vill separera:
* små DNA -fragment: Använd en högre agaroskoncentration (1,5%-2%).
* Stora DNA -fragment: Använd en lägre agaroskoncentration (0,5%-1%).
* Allmänt syfte: En standardkoncentration av 1% används ofta för ett brett spektrum av DNA -fragment.
Andra faktorer att tänka på:
* Typ av agaros: Olika typer av agaros kan påverka porstorlek och upplösning.
* buffert: Bufferten som används i elektrofores påverkar också migrationsgraden och upplösningen.
* Elektriskt fält: Spänningen som appliceras över gelén kan också påverka migrationsgraden.
Sammanfattningsvis är koncentrationen av agaros i gelelektrofores avgörande för att uppnå optimal upplösning och separering av DNA -fragment. Genom att noggrant välja lämplig agaroskoncentration kan du säkerställa effektiv separering av önskade molekyler.
