Specifikt kallas de som orsakar sjukdom patogena protozoans . De ansvarar för ett brett spektrum av infektioner hos människor och djur. Några exempel på patogena protozoans inkluderar:
* amoebas (som _entamoeba histolytica_) som orsakar amoebiasis, en allvarlig tarminfektion.
* flagellater (som _giardia lamblia_) som orsakar giardiasis, en vanlig tarminfektion.
* sporozoans (som _plasmodium falciparum_) som orsakar malaria, en dödlig sjukdom som överförs av myggor.
* ciliates (som _balantidium coli_) som kan orsaka dysenteri, en tarminfektion.
Dessa protozoans orsakar skador genom att frigöra enzymer eller toxiner som dödar celler och stör vävnadsfunktionen.