* membranbundna organeller: Eukaryota celler har en komplex inre struktur med membranbundna organeller som kärnan, mitokondrier, endoplasmatisk retikulum, Golgi-apparat, lysosomer och vakuoler. Dessa organeller delar upp cellulära funktioner och gör det möjligt för specialiserade processer att uppstå effektivt. Prokaryota celler saknar dessa organeller och har en enklare intern struktur.
* kärnan: Eukaryota celler har en väl definierad kärna innesluten av ett dubbelmembran som kallas kärnhöljet. Kärnan innehåller cellens genetiska material (DNA) organiserat i kromosomer. Prokaryoter saknar en verklig kärna; Deras DNA är beläget i en region som kallas nukleoiden, som inte är innesluten av ett membran.
* cytoskelett: Eukaryota celler har ett komplext cytoskelett sammansatt av mikrotubuli, mikrofilament och mellanliggande filament. Cytoskelet ger strukturellt stöd, underlättar cellrörelse och hjälper till att organisera interna komponenter. Prokaryota celler har en enklare cytoskeletalstruktur, bestående av proteiner som FTSZ, som är involverade i celldelning.
* Större storlek: Eukaryota celler är i allmänhet större än prokaryota celler. Detta beror delvis på närvaron av membranbundna organeller, som ökar den totala cellvolymen.
* linjärt DNA: Eukaryot DNA är organiserat i linjära kromosomer och är associerat med histonproteiner för att bilda kromatin. Prokaryot DNA är vanligtvis cirkulärt och är inte associerat med histoner.
* Sexuell reproduktion: Eukaryota celler reproducerar sexuellt och involverar sammansmältningen av gameter (spermier och ägg) för att producera avkommor med genetisk mångfald. Prokaryoter reproducerar asexuellt, främst genom binär klyvning.
* mer komplexa cellulära processer: Eukaryota celler har mer komplexa processer, inklusive ett mer sofistikerat system för proteinsyntes och ett bredare utbud av metaboliska vägar.
Dessa skillnader återspeglar den större komplexiteten hos eukaryota celler, som kan utföra ett bredare sortiment av funktioner och anpassa sig till olika miljöer.