1. provberedning: Elektronmikroskopi kräver omfattande provberedning. Mikroorganismer måste vara noggrant fixerade, dehydratiserade och ofta belagda med ett tunt lager metall. Denna process kan vara tidskrävande, tekniskt utmanande och potentiellt snedvrida organisismens naturliga struktur.
2. Begränsad till döda exemplar: Elektronmikroskopi använder elektronstrålar med hög energi som kan skada biologiska prover. Därför är det endast lämpligt för att visa döda eller bevarade mikroorganismer. Detta gör det omöjligt att studera de dynamiska processerna som inträffar inom levande celler.
3. Kostnad och komplexitet: Elektronmikroskop är dyra utrustning som kräver specialiserad utbildning och expertis för att fungera. Detta begränsar deras tillgänglighet för forskare och institutioner med adekvata resurser.
