1. Brist på en membranbunden kärna: Prokaryoter har inte en kärna innesluten av ett membran för att innehålla deras genetiska material (DNA). Istället är deras DNA beläget i en region som kallas nukleoiden, som inte är separerad från resten av cellen med ett membran.

2. Brist på membranbundna organeller: Prokaryoter saknar andra membranbundna organeller som finns i eukaryota celler, såsom mitokondrier, endoplasmatisk retikulum, Golgi-apparat, etc. De utför sina cellfunktioner med hjälp av specialiserade regioner inom deras cytoplasma och deras cellmembran.