1. oförmåga att tillämpa asexuella organismer: Biologiska artskonceptet definierar en art som en grupp organismer som kan blandas och producera bördiga avkommor. Asexuella organismer, som bakterier och vissa växter, reproducerar utan parning, så detta koncept gäller inte dem. Att bestämma artsgränser i dessa organismer kräver andra metoder som genetisk analys.
2. Svårigheter i applicering till hybridisering av arter: Vissa arter kan blandas och producera bördiga avkommor, även om de betraktas som distinkta arter. Detta är vanligt i växter och förekommer också hos vissa djur. Till exempel kan den grå vargen och coyoten blandas, vilket gör det utmanande att tillämpa det biologiska artkonceptet i dessa fall. Denna tvetydighet kan leda till oenighet om var en art slutar och en annan börjar.
