När du stöter på ett okarakteriserat bakterieisolat är ett systematiskt tillvägagångssätt som kombinerar mikroskopi, odling och molekylära metoder avgörande för korrekt identifiering.
Börja med att undersöka cellväggens sammansättning, form och hur celler länkar ihop efter delning. Dessa grundläggande attribut ger de första ledtrådarna om organismens taxonomi.
Gram-färgningen skiljer bakterier med tjocka peptidoglykanväggar (Gram-positiva) från de med tunna eller frånvarande väggar (Gram-negativa). Det är hörnstenen i bakterieklassificering.
Observera att varje form kan vara grampositiv eller gramnegativ, förutom spirilla som uteslutande är gramnegativ.
Efter delning bildar kocker och baciller karaktäristiska arrangemang:
Inokulera isolatet på en rad tillväxtmedier som gynnar eller hämmar specifika bakteriegrupper. Observera kolonimorfologi, färg och tillväxthastighet för att begränsa möjligheterna.
Screen för metaboliska biprodukter (t.ex. oxidas, katalas, kolhydratfermentering) för att ytterligare förfina identifieringen. Många laboratorier använder automatiserade paneler för snabbhet och noggrannhet.
Om morfologi och biokemiska data inte är avgörande kan 16S rRNA-sekvensering eller helgenomanalys definitivt matcha isolatet med en känd art eller avslöja en ny stam, förutsatt att referensgenom finns.
Till exempel kan ett isolat som är gramnegativt, aerobt och bildar raka stavkedjor identifieras som Escherichia coli efter bekräftelse av odling och sekvensering.
Sergey Nazarov/iStock/GettyImages
