Termen "proton" introducerades först av fysikern Ernest Rutherford 1920, efter hans experiment på spridningen av alfapartiklar av kväveatomer. Rutherfords experiment gav bevis för att det fanns en liten, positivt laddad kärna i atomer, och han föreslog namnet "proton" för denna positivt laddade partikel. Termen "proton" kommer från det grekiska ordet "protos", som betyder "första" eller "primär", vilket återspeglar dess roll som en grundläggande byggsten i materia.