Förutom skillnaden i sammansättning skiljer sig föreningar och molekyler också i sina egenskaper. Föreningar är vanligtvis mer stabila än molekyler, och de har högre kokpunkter och smältpunkter. Detta beror på att de kemiska bindningarna mellan atomerna i en förening är starkare än bindningarna mellan atomerna i en molekyl.
Slutligen skiljer sig föreningar och molekyler i sin reaktivitet. Föreningar är vanligtvis mer reaktiva än molekyler, eftersom de kemiska bindningarna mellan atomerna i en förening lättare bryts. Detta innebär att föreningar är mer benägna att genomgå kemiska reaktioner än molekyler.