Jonbindningar bildas genom överföring av elektroner från en atom till en annan, vilket resulterar i bildandet av positivt och negativt laddade joner. Vätebindningar, å andra sidan, bildas av den elektrostatiska attraktionen mellan en delvis positiv väteatom och en delvis negativ elektronegativ atom, såsom syre, kväve eller fluor. Vätebindningar är svagare än jonbindningar och bildas vanligtvis mellan molekyler snarare än mellan enskilda atomer.