Substantia nigra ligger i midbrain , som är en liten men viktig del av hjärnan som förbinder förhjärnan och bakhjärnan.

Specifikt finns det i tegmentum , en region i mitthjärnan som sitter strax under tektum. Substantia nigra är en mörk, pigmenterad struktur (därmed namnet "svart ämne") som spelar en viktig roll i rörelsekontroll och belöning .