Färskvatten och marina miljöer markerar en primär paus i akvatiska ekosystem. marina miljöer innehåller en hög salthalt (saltkoncentration), medan sötvattenområden vanligtvis innehåller mindre än 1 procent. Fiske ekosystem inkluderar dammar och sjöar samt floder och vattendrag. Marinekosystem inkluderar oceaner och korallrev.
Dammar och sjöar
Dammar och sjöar är relativt stilla vattenkroppar med liten eller ingen ström, vanligtvis isolerade från andra vattenkroppar som floder och hav . De är indelade i tre distinkta zoner: littoral, limnetisk och profundal. Den lilla zonen utgör den som ligger närmast stranden. Med hög exponering för solljus och grunda vatten är detta vanligen det mest biologiskt varierade området i en viss sjö eller damm, som rymmer flera arter av amfibier, vattenfåglar, kräftdjur, insekter, fisk och alger samt både flytande och rotade växter. Den limniska zonen omfattar arean av en sjö /damm som ligger längre från stranden ändå närmast vattnets yta. Detta område är mindre mångsidigt än den lilla zonen, men moreso än den djupgående zonen på grund av sin höga exponering för solen. Den djupgående zonen omfattar det djupaste området av en damm eller sjö. Profundal livet domineras nästan uteslutande av sönderdelande bakterier och plankton.
Floder och strömmar
Floder och strömmar är rörliga kroppar av vatten som strömmar från en källa, till exempel en vår eller smält glaciär, till en mun som kan vara vid ett hav, en större ström eller flod eller någon annan reservoar. När vattnet reser från källa till mun förändras ekosystemets miljö drastiskt. Källan till en ström eller en flod har den högsta renhetsgraden och syrehalten. Under hela sin väg samlar det rusande vattnet skräp i sin nuvarande; När vattnet når munnen blir vattnet mörkt. Som ett resultat tränger lite solstråle in i ytan och plantans liv är knappt. Fiskarter som havskatt trivs i dessa områden, kan överleva under förhållanden med lågt syre.
Oceans
Hav är några av de mest mångfacetterade och geografiskt expansiva ekosystemen på jorden. Havsekosystemen är uppdelade i fyra zoner: tidvatten, pelagisk, bentisk och abyssal. Tidszonen omfattar de områden där havsvatten möter mark. Denna zon är mycket dynamisk på grund av tidernas konstanta verkan. Som en allmän regel är artens mångfald högre i tidvattenzoner som oftast nedsänkts av vatten. På samma sätt som den limniska zonen i sjöar, omfattar den pelagiska zonen det öppna havet ifrån stranden men ännu närmare vattnet. En mängd fiskar, vattenväxter och större däggdjur bor i denna region. Benthic och abyssal zonerna utgör de näst djupaste och djupaste regionerna i havet. På grund av extrema tryck, mörker och kalla temperaturer har dessa zoner väldigt olika former av liv. För att överleva en fullständig brist på solstrål, skörda växter och bakterier i avgrundszonen, skörda kemisk energi från termiska ventiler under havsytans yta.
Korallrev
Korallrevets ekosystem ligger i hav; men på grund av sin fysiska och biologiska sammansättning är de väldigt olika från andra marina ekosystem. Korallrev formar i grunt vatten med varma temperaturer. Många av dessa ekosystem har bildats längs kontinenterna. Även om det kan tyckas som en stor sten, består ett korallrev faktiskt av levande djurkolonier som fixar sig i ett hårt kalciumkarbonatskal. Dessa kolonier har ett symbiotiskt förhållande med zooxanthellae, en typ av alger som både lever inom och ger mat till korallerna. Även om de omfattar relativt litet område är korallrev några av de mest biologiskt olika ekosystemen på jorden. En enorm mängd svampar, kräftdjur, havsanemoner, fiskar, alger, vattenväxter och insekter lever exklusivt i korallrevets ekosystem.