Medan vithövdad örnar är kända för att ha olika dieter, finns det inga bevis som stöder att de avsevärt förgriper sig på präriehundar i Great Plains eller någon annan region. Vithövdad örn livnär sig främst på fisk, sjöfåglar och andra vattenlevande byten, och deras dietsammansättning varierar beroende på livsmiljö och tillgängliga matresurser. Medan bald eagles ibland kan konsumera små däggdjur, såsom gnagare, som opportunistiska matare, är präriehundar vanligtvis inte en del av deras vanliga diet eller en primär matkälla.