Innan forskarna använder eDNA för upptäckt av invasiva arter bör forskarna först välja den målart de letar efter och samla referensprover. Detta innebär att man skaffar kända DNA-prover från de invasiva arterna av intresse. Referensproverna är avgörande för att skapa en eDNA-referensdatabas, som kommer att användas för att jämföra med eDNA som samlas in från vattenvägen. Att ha korrekta och representativa referensprover är ett kritiskt steg för att säkerställa effektiviteten och specificiteten hos eDNA-övervakning för målinvasiva arter.