NMDS indikerade att det fanns signifikanta skillnader i nematodsamhällena som erhölls av olika primrar och olika databaskommentarer (A och B). Jämfört med primern NF1F hittades högre värden i index som kommenterades av primern 3NDF, särskilt för jämnhetsindex. För primern 3NDF var Chao-indexet som erhölls av de tre databaserna något annorlunda, med högre värden observerade i NT-databasen (C och D). Kredit:Higher Education Press Limited Company
Jordnematoder representerar en viktig komponent i marksamhällen i terrestra ekosystem och spelar en viktig roll för att reglera näringsämnenas kretslopp och markhälsa. Teknik för sekvensering med hög genomströmning används i allt större utsträckning i studiet av nematodernas biologiska mångfald. En nyligen genomförd studie visar att valet av olika primrar och databaser påverkade annoteringen av nematod-taxa, men mångfalden av nematodsamhället visade konsekventa mönster bland olika vegetationstyper.
Studiens resultat understryker att det är nödvändigt att välja lämpliga primrar och databaser enligt den taxonomiska målnivån. Fyndet dök upp i Soil Ecology Letters .
Framväxten av sekvensering med hög genomströmning har helt förändrat området för molekylär taxonomi, det kan fånga fler detaljer om biologisk mångfald. Även om sekvenseringsteknik med hög genomströmning har använts i mer än tio år, kommer valet av primers och databaser att påverka sekvenseringsresultaten. Icke desto mindre har få studier heltäckande utvärderat den kombinerade effekten av olika primers och databaser på identifieringen av nematodsamhällen.
Changbai Mountain erbjuder det största höjdområdet av välbevarade skogshabitat i nordöstra Kina. Längs höjdgradienten har varierande miljöförhållanden som temperatur, markfuktighet och markens pH resulterat i en uppenbar trend av biologisk mångfald. Skillnaderna i mångfald och sammansättning av jordnematodsamhällen i Changbai Mountain utgör således en idealisk plattform för att verifiera inflytandet av olika primers och databaser på annoteringen av nematodsekvensering.
Studien jämförde två par primers (3NDf/C_1132rmod och NF1F/18Sr2bR) och tre databaser (NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota och PR2_v4.5 databaser) för att undersöka nematodsamhällena i olika höjder av vegetationstyper i Changbai Mountain.
För 3NDF-primer var antalet annoterade taxa olika bland de tre databaserna på släkt- och artnivåer; medan det för NF1F-primer hittades signifikanta skillnader på familjenivå bland de tre databaserna. Bland olika databaser upptäcktes också skillnader i nematod-taxan.
Ju finare taxonomisk nivå, desto färre taxa delades av de tre databaserna. Utbredningsmönstren för nematoddiversitet som erhölls av olika primrar och databaser var likartade bland olika vegetationer. Därför bör vi, när vi väljer primers och databaser, ägna mer uppmärksamhet åt klassificeringsnivån enligt våra faktiska behov. När det gäller annoteringseffekt i denna studie kan 3NDF-primers med NT-databas ge mer information än andra kombinationer på släkt- eller artnivåer.
Denna studie antyder att när huvudmålet är undersökningen av artsammansättning och taxonomi, lider sekvenseringsmetoden fortfarande av dålig konsistens, så traditionell mikroskopisk identifiering är fortfarande oumbärlig. Därför behövs ytterligare validering och studier i framtiden för att jämföra konsistensen av de morfologiska och molekylära metoderna på djupet. Dessutom, trots den snabba utvecklingen av molekylära tekniker, har vissa databaser fortfarande ofullständig information. I framtiden bör vi komplettera fler primers och databasinformation för att ytterligare förbättra noggrannheten av molekylär analys inom nematodekologisk forskning. + Utforska vidare
