Vojtěch Brlík från institutionen för ekologi, naturvetenskapliga fakulteten, Charles University och Institute of Vertebrate Biology, Tjeckiska vetenskapsakademin uppmanar forskare att dela grundläggande information om biologiska prover (metadata) för att säkerställa att de återanvänds effektivt över biologiska discipliner.
Uppmaningen till det vetenskapliga samfundet, publicerad i tidskriften Nature , bygger på erfarenheterna från samordningen av metadataförrådet AviSample Network, som för närvarande innehåller metadata från mer än 35 000 prover av nästan 500 fågelarter.
Forskarsamhället har systematiskt optimerat forskningsverksamheten, och det finns ett antal initiativ som aktivt strävar efter detta mål. Projektet som leds av Brlík driver dessa ansträngningar ytterligare, "Vårt initiativ visar att tillgängligheten och spårbarheten av grundläggande information om prover (så kallade metadata) har potential att göra vetenskaplig forskning mer effektiv, spara ekonomiska och mänskliga resurser och diversifiera forskargrupper på global nivå."
Han tillägger, "Det här initiativet handlar inte om lagringen av de fysiska proverna eller data. Vi är bara intresserade av grundläggande information om biologiska prover, enkelt uttryckt, när, var och hur proverna samlades in och hur de bevaras. Dela dessa metadata är billiga, tillämpliga på global nivå och underlättar användningen av redan insamlade prover, vilket gynnar både provets ägare och forskarna som kommer att använda dem."
Principen att dela provmetadata och återanvända befintliga prov är fördelaktig på många sätt. Centraliserad och standardiserad rapportering av provmetadata gör det enkelt att se vilka prover som finns tillgängliga för närvarande utan att kräva kommunikation med kollegor eller kostsam insamling av nya prover.
Att dela metadata skulle därför kunna effektivisera vetenskaplig verksamhet, särskilt i mindre utforskade områden som är svåra att komma åt, samtidigt som nyckelsamarbeten med lokala forskare stärks. På samma sätt skulle rapportering av provmetadata hjälpa forskare vars forskning fokuserar på hotade arter eller stora rumsliga skalor.
"Den första idén till detta initiativ skapades under mina doktorandstudier, när jag letade efter fjäderprover från ett stort område i Afrika söder om Sahara. Jag hade prover från vår forskargrupp, men jag behövde utöka datamängden avsevärt.
"Vi skrev till kollegor i Sverige och Schweiz som vi misstänkte hade liknande prover från andra platser i Afrika. Och lyckligtvis visade det sig att de verkligen hade dem. Även om de i första hand samlat in proverna för ett helt annat syfte har vi lyckats täcka en stor del av Afrika söder om Sahara genom denna gemensamma ansträngning, som inte hade varit möjlig utan ett samarbete med kollegor", säger Brlík och beskriver ursprunget till det aktuella projektet.
År 2022 skapade Brlík och ett team av kollegor (särskilt Pavel Pipek från Institutionen för ekologi, Naturvetenskapliga fakulteten, Charles University och Petr Procházka från Institute of Vertebrate Biology i CAS) metadataförrådet AviSample Network. I denna databas kan ornitologer nu lägga in metadata för fågelprover, det vill säga var, när och hur provet samlades in, från vilka fågelarter och hur dessa prover lagras.
Databasen innehåller för närvarande information om nästan 500 fågelarter och metadata för mer än 35 000 prover finns tillgängliga. Förvaret har ett antal ambassadörer som är med och sprider initiativet i sina regioner.
"Ett av exemplen på återanvändning av befintliga prover som möjliggörs genom att dela metadata är B10K-projektet. Detta projekt syftar till att kartlägga genomen för alla 10 000 fågelarter, som projektkoordinatorerna främst samlar in från museer.
"Men för sällsynta arter och arter som förekommer i understuderade områden (t.ex. tropikerna) är det inte lätt att få tag på prover. Att dela metadata av prover lagrade i forskarnas samlingar har gjort det möjligt att använda befintliga prover insamlade i Afrika och Europa, för detta stora -skala projekt", beskriver Brlík.
I en korrespondens som publicerades i hans artikel visar Brlík, med hjälp av AviSample Network som exempel, att delning av metadata underlättar återanvändning av befintliga prover lagrade i forskares samlingar och har därmed en enorm potential.
"Jag siktar på att ta detta initiativ och förändra uppfattningen till en global nivå och visa att delning av provmetadata har potential att främja effektiviteten av vetenskapliga aktiviteter över biologiska discipliner", avslutar Brlík.
Mer information: Vojtěch Brlík, Standardiserade metadata för biologiska prover skulle kunna låsa upp potentialen för samlingar, Natur (2024). DOI:10.1038/d41586-024-01421-w
Journalinformation: Natur
Tillhandahålls av Charles University
