Hos de flesta arter bestäms kön av könskromosomerna. Hos människor och andra däggdjur, till exempel, har honor två X-kromosomer, medan hanar har en X och en Y. Könskromosomerna innehåller gener som styr utvecklingen av manliga och kvinnliga reproduktionsorgan, samt sekundära sexuella egenskaper som kroppsstorlek och hårväxt.

Men hos vissa arter bestäms inte kön av könskromosomerna. Istället bestäms det av andra faktorer, som miljön eller förekomsten av vissa gener. Till exempel, hos vissa arter av reptiler, bestäms kön av temperaturen vid vilken äggen inkuberas. Hos vissa fiskarter bestäms kön av närvaron eller frånvaron av en enda gen.

I ett särskilt fall, fruktflugan *Drosophila melanogaster*, utvecklas en liten andel av individerna som intersexflugor. Detta beror på att vissa celler i dessa flugor inte kan "bestämma" om de är hanar eller honor. Dessa intersexflugor har både manliga och kvinnliga reproduktionsorgan, och de kan vara sterila.

Orsaken till detta ovanliga fenomen är inte helt klarlagt, men det tros bero på en mutation i en gen som är involverad i könsbestämningen. Denna mutation gör att vissa celler i flugan utvecklas med en manlig identitet, medan andra celler utvecklas med en kvinnlig identitet. Som ett resultat utvecklas flugan med både manliga och kvinnliga reproduktionsorgan.