När ett elektriskt fält appliceras kommer positivt laddade partiklar (katjoner) i gelén eller membranet att röra sig mot den negativa elektroden (katoden), medan negativt laddade partiklar (anjoner) kommer att röra sig mot den positiva elektroden (anoden). Denna rörelse av laddade partiklar skapar en skillnad i osmotiskt tryck mellan de två sidorna av membranet. Den sida av membranet som innehåller den högre koncentrationen av katjoner kommer att ha ett högre osmotiskt tryck än den sida som innehåller den högre koncentrationen av anjoner.
Som ett resultat av denna skillnad i osmotiskt tryck kommer vattenmolekyler att röra sig från sidan av membranet med det lägre osmotiska trycket till sidan med det högre osmotiska trycket. Denna rörelse av vattenmolekyler kallas endosmotiskt flöde.
Endosmotiskt flöde kan ha flera effekter på den elektroforetiska separationen av laddade partiklar. För det första kan det få partiklarna att röra sig snabbare eller långsammare än de skulle göra i frånvaro av endosmotiskt flöde. För det andra kan det ändra riktningen för partikelrörelse. För det tredje kan det få partiklarna att spridas ut mer eller mindre än de skulle göra i frånvaro av endosmotiskt flöde.
Effekterna av endosmotiskt flöde på elektroforetisk separation kan kontrolleras genom att manipulera gelens eller membranets sammansättning och styrkan hos det elektriska fältet.
