1. Kärna
En av de viktigaste skillnaderna mellan protoktister och bakterier är närvaron av en kärna. Protoktister har en verklig kärna, som är omgiven av ett kärnmembran. Detta membran separerar det genetiska materialet (DNA) från resten av cellen. Bakterier har å andra sidan ingen kärna. Istället finns deras DNA i en enda, cirkulär kromosom som finns i cytoplasman.
2. Organeller
Protoktister har också en mängd olika organeller, som är specialiserade strukturer som utför specifika funktioner inom cellen. Dessa organeller inkluderar mitokondrier, kloroplaster och endoplasmatiskt retikulum. Bakterier, å andra sidan, har vanligtvis inga organeller. Istället har de enklare strukturer, som ribosomer och flageller.
3. Cellvägg
Både protoktister och bakterier har en cellvägg, men cellväggens sammansättning skiljer sig åt mellan de två grupperna. Protoktister har vanligtvis en cellvägg gjord av cellulosa, medan bakterier har en cellvägg gjord av peptidoglykan.
4. Näringssätt
Protoktister kan vara antingen autotrofa eller heterotrofa. Autotrofa protoctister, som alger, kan producera sin egen mat genom fotosyntes. Heterotrofa protoctists, såsom amöbor, måste konsumera andra organismer för att få näringsämnen. Bakterier, å andra sidan, är alla heterotrofa och måste få näringsämnen från andra organismer.
5. Reproduktion
Protoktister kan fortplanta sig både asexuellt och sexuellt. Asexuell reproduktion uppstår när en enda cell delar sig i två eller flera nya celler. Sexuell reproduktion uppstår när två celler smälter samman för att bilda en ny cell. Bakterier å andra sidan förökar sig bara asexuellt.
Sammantaget är protoktister och bakterier två väldigt olika grupper av organismer. Protoktister är mer komplexa än bakterier och har en kärna, organeller och en mängd olika näringssätt. Bakterier, å andra sidan, är enklare organismer som inte har en kärna, organeller eller en mängd olika näringssätt.