Det flytande rengöringsmedlet som används vid genomisk DNA-extraktion är vanligtvis ett milt, icke-joniskt rengöringsmedel, såsom Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) eller Triton X-100. I samband med genomisk DNA-extraktion är den primära funktionen av flytande tvättmedel att lysera cellerna och frigöra cellinnehållet, inklusive genomiskt DNA, till extraktionsbufferten. Här är en detaljerad förklaring av dess roll i utvinningsprocessen:

1. Celllys:Flytande tvättmedel är amfipatiska molekyler, vilket betyder att de har både hydrofila (vattenälskande) och hydrofoba (vattenhatande) regioner. De hydrofoba områdena av tvättmedelsmolekylerna interagerar med och stör cellmembranets lipiddubbelskikt, vilket får det att lösas upp och bryta isär. Detta leder till lys, eller bristning, av cellerna och frisättning av deras intracellulära innehåll i den omgivande extraktionsbufferten.

2. Solubilisering av cellkomponenter:Efter cellys frisätts de intracellulära komponenterna, inklusive proteiner, lipider och nukleinsyror, till extraktionsbufferten. Dessa komponenter kan dock förbli associerade med varandra och bilda komplex eller aggregat som kan hindra effektiv DNA-extraktion. Det flytande tvättmedlet hjälper till att solubilisera dessa komplex genom att störa interaktionerna mellan olika molekyler och främja deras spridning i bufferten. Detta solubiliseringssteg är avgörande för att säkerställa effektiv frisättning och tillgänglighet av genomiskt DNA.

3. Denaturering av proteiner:Förutom att lysera celler och solubilisera cellulära komponenter, bidrar det flytande tvättmedlet också till denaturering av proteiner under DNA-extraktion. Proteiner kan binda och interagera med DNA, vilket potentiellt stör dess isolering. Detergenten stör dessa protein-DNA-interaktioner och viker upp proteinstrukturerna, vilket säkerställer att det genomiska DNA:t förblir fritt i lösning och tillgängligt för efterföljande reningssteg.

4. Hämning av deoxiribonukleaser (DNaser):Vissa flytande detergenter, såsom SDS, har en ytterligare egenskap att hämma aktiviteten av deoxiribonukleaser (DNaser), som är enzymer som kan bryta ner DNA. Denna hämmande effekt hjälper till att bevara integriteten hos det extraherade genomiska DNA:t genom att förhindra dess nedbrytning under extraktionsprocessen.

Det är värt att notera att det specifika flytande tvättmedlet som används vid genomisk DNA-extraktion kan variera beroende på extraktionsmetoden och individuella forskares preferenser. Även om SDS och Triton X-100 vanligtvis används, kan andra milda rengöringsmedel med liknande egenskaper också användas för detta ändamål.