Aceto-orcein är ett livsviktigt färgämne som vanligtvis används för att färga kromosomer i både växt- och djurceller. Den har en hög affinitet för DNA på grund av dess grundläggande natur och kan selektivt binda till fosfatgrupperna i DNA-ryggraden. När de färgas med aceto-orcein uppvisar kromosomerna ett karakteristiskt bandformigt utseende, med omväxlande mörka (heterokromatin) och ljusa (eukromatin) band. Detta bandmönster är avgörande för cytogenetiska studier, eftersom det möjliggör identifiering och karakterisering av individuella kromosomer.

Aceto-orceinfärgning är en enkel och mångsidig teknik som kan appliceras på både mitotiska och meiotiska kromosomer. Det används i stor utsträckning inom cytologi, genetik och växtförädling för karyotypanalys, kromosomidentifiering och detektering av kromosomavvikelser eller omarrangemang.