Den skrynkliga fenotypen av ärtfrön orsakas av ett enda genetiskt lokus, som kodar för ett protein som kallas stärkelseförgreningsenzym (SBE). SBE ansvarar för syntesen av amylopektin, en grenad polysackarid som utgör majoriteten av stärkelsen i växter. I den rynkiga fenotypen resulterar en mutation i SBE-genen i produktionen av ett icke-funktionellt SBE-protein, vilket leder till en minskning av amylopektinsyntesen. Detta resulterar i ackumulering av mindre, mer grenade stärkelsemolekyler, vilket i sin tur leder till att ärtfröna blir skrynkliga.