En viktig skillnad mellan domän Eukarya och domäner bakterier och archaea är närvaron av en kärna .

* eukaryota celler (Domän eukarya) har en sant nucleus inneslutet i ett membran, där deras genetiska material (DNA) lagras.

* prokaryota celler (Domäner bakterier och archaea) saknar en kärna. Deras DNA är beläget i en region som heter nukleoid , som inte är innesluten av ett membran.