I slutet av 1600-talet, med sina egna, mycket förstörande mikroskop, observerade Leeuwenhoek små, rörliga organismer i vatten, som han kallade "Animalcules". Han beskrev dessa organismer som att ha olika former, inklusive sfärer (cocci), stavar (baciller) och spiraler (spirilla) .
Medan han inte helt förstod betydelsen av sina upptäckter, lägger Leeuwenhoeks observationer grunden för studien av mikrobiologi.
