Processen som inträffade ofta i den tidiga historien för de tre domänerna på jorden och gör att bestämning av fylogenetiska förhållanden som tidssvår är horisontell genöverföring (HGT) .

Här är varför:

* Tidig jord var en gendelande soppa: Under de tidiga dagarna av livet på jorden var miljön oerhört annorlunda. Organismer var enklare och cellmembran var mer permeabla. Detta möjliggjorde fritt utbyte av genetiskt material mellan olika linjer, även över domäner.

* oskärpa linjerna i förfäder: HGT är överföring av genetiskt material mellan organismer som inte är direkt relaterade genom härkomst. Denna process suddar linjerna med traditionella förfäder, vilket gör det svårt att spåra en gen eller organismes evolutionära historia.

* komplicerade evolutionära historier: HGT introducerar komplexa evolutionära relationer, där en gen i en organisme kan ha sitt ursprung i en helt annan avstamning. Detta gör det svårt att rekonstruera livets träd baserat enbart på gensekvenser.

för att sammanfatta: Medan vertikal genöverföring (från förälder till avkommor) är det primära arvet, var HGT en betydande faktor i den tidiga utvecklingen av livet på jorden. Det komplicerar avsevärt ansträngningarna för att förstå de evolutionära förhållandena mellan de tre domänerna (bakterier, archaea och eukarya).