I en vattenmolekyl är syreatomen mer elektronegativ än väteatomen, vilket gör att den attraherar elektroner starkare. Detta skapar en lätt positiv laddning på väteatomerna och en liten negativ laddning på syreatomen, vilket skapar en polär molekyl. När två vattenmolekyler kommer nära varandra, attraheras den positiva laddningen på väteatomen i en molekyl till den negativa laddningen på syreatomen i den andra molekylen och bildar en vätebindning.
Vätebindningar är viktiga i vatten eftersom de är ansvariga för vattnets unika egenskaper, såsom dess höga ytspänning och höga specifika värmekapacitet. De spelar också en viktig roll i strukturen och funktionen hos proteiner, nukleinsyror och andra biologiska molekyler.