Under citronsyracykeln avlägsnades två kolatomer som koldioxid (CO2), som är en avfallsprodukt från cellandning. Varje acetyl-CoA som kommer in i citronsyracykeln bär två kolatomer. Under ett varv av cykeln frigörs två molekyler CO2. De bär kolatomerna som kom in i acetyl CoA och de som ursprungligen var delar av andra komponenter i citratmolekylen.