När fiskodlingar byggs längs kusten kan avfall gå ut i det omgivande vattnet. Detta kan inkludera oäten mat, avföring och annat organiskt material. Detta kan förorena vattnet och skada miljön, inklusive skada korallrev och döda fisk.

För att minska föroreningarna från fiskodlingar kan ett antal åtgärder vidtas, bland annat:

- Använda ett slutet inneslutningssystem, som förhindrar att avfall kommer ut i miljön

- Använda filter och andra behandlingssystem för att ta bort avfall från vattnet

- Att regelbundet städa fiskodlingen och ta bort avfall

- Använda foder som är speciellt utformat för att vara lättsmält och producera mindre avfall