Forskare vid Monash University har validerat ett sätt att framgångsrikt upptäcka en mängd olika bakterier (patogener) som orsakar diarrésjukdomar i informella bosättningar.

Bättre skydd mot sjukdomar för människor som lever i samhällen som står inför vatten, sanitära och hygieniska utmaningar är viktiga, eftersom mikrober som orsakar gastrointestinala sjukdomar (enteropatogener) är ansvariga för 1,4 miljoner dödsfall per år, främst hos barn under fem år, och orsaka försämrad näring och utveckling.

Dock, det är mycket utmanande att effektivt övervaka deras spridning på grund av det stora antalet patogener och källor som är involverade. Många enteropatogener orsakar diarré och andra gastrointestinala sjukdomar, spänner över virus, bakterie, amöba, och maskar, var och en med distinkta egenskaper. Dessutom, de sprids genom komplexa vägar via människa, djur, miljö, och matkällor. Traditionellt, mikrobiologer övervakar endast utvalda patogener och varje källa testas vanligtvis separat.

Studien, publicerad i The Lancet Planetary Health , utvärderade för första gången laboratoriemetoden som kallas TaqMan Array Card (TAC) mot guldstandardmetoden, standard kvantitativ polymeraskedjereaktion (qPCR). De fann att TAC är snabbare och billigare än qPCR, samtidigt som de levererar jämförbart exakta resultat och samtidigt detekterar över 30 olika enteropatogener.

Monash Universitys Biomedicine Discovery Institute mikrobiolog Dr. Rachael Lappan ledde den jämförande studien med hjälp av avloppsvattenprover från Melbourne och mänsklig avföring, djur skott, jord, och vattenprover från informella bosättningar i Suva, Fiji. Hon säger att validering av TAC-metoden är ett stort steg framåt för att bekämpa det komplexa och försummade problemet med barndomsdiarré.

"Enteropatogener kan plockas upp på så många olika sätt i informella bosättningar, och det kan vara en verklig utmaning att övervaka dem eftersom det finns så många olika enteropatogener som bidrar till sjukdomar, Dr Lappan förklarar. "TAC erbjuder ett relativt enkelt och prisvärt sätt att göra detta, och det kan göras på vilken typ av prov som helst.'

"Det är otroligt viktigt eftersom det kommer att hjälpa oss att bättre förstå och övervaka de vägar genom vilka människor blir sjuka, och hjälpa till att rikta in dessa vägar med effektiva vattenhanteringsinsatser som i slutändan kan leda till bättre hälsa, som den vi testar i programmet Revitalizing Informal Settlements and their Environments (RISE), sa doktor Lappan.

Co-senior författare av tidningen, Docent Chris Greening från Monash University's Biomedicine Discovery Institute, lägger till "genom att jämföra dessa metoder, vi ville veta om förmågan att effektivt upptäcka ett brett spektrum av enteropatogener skulle komma med en betydande nackdel i känslighet. Dock, vi visade att TAC presterar jämförbart med qPCR och är idealiskt lämpad för bred patogenscreening som är opraktisk att utföra via standard qPCR.'

Studien genomfördes som en del av programmet Revitalizing Informal Settlements and their Environments (RISE), ett tvärvetenskapligt forskningsprogram och försök som syftar till att förbättra hanteringen av vatten och sanitet i urbana informella bosättningar med naturbaserad infrastruktur. STIGA, och annat transformationsvatten, sanitet och hygienprogram, behöver tekniker som möjliggör omfattande men effektiv övervakning av enteropatogener för att förstå miljöföroreningar och sjukdomsbörda före och efter interventioner.