Den inhemska australiensiska gnagaren Pseudomys fumeus, kallad rökmus för sin färg, kämpade redan mot utrotning när skogsbränderna 2019–20 slog till.

Den svarta sommarens buskbränder, som brände upp mer än 24 miljoner hektar, kan ha dödat uppskattningsvis 1 miljard djur och satt över 100 hotade arter i fara. Bränderna förstörde också mer än 90 % av den rökiga musens livsmiljö, med nio möss som till och med dog på en uppfödningsanläggning i fångenskap nära Canberra av inandning av buskbrandsrök.

Men allt är inte förlorat – ett nyligen sekvenserat referensgenom kommer nu att hjälpa de pågående bevarandeinsatserna för denna inhemska australiska art.

Värda fickor med möss

Vi har inte sett vilda rökiga möss i Australian Capital Territory sedan 1987. I Victoria finns arten bara i Grampians, Central Highlands och alpina regioner, och i New South Wales i de alpina regionerna i Kosciuszko National Park och sydöstra skogar nära Nullica.

En aktiv återhämtningsplan upprättades för musen 2006. Som en del av detta startade naturvårdare två fångna populationer, med utsättningar i sydöstra skogar nära Nullica och ett rovdjurssäkert reservat i ACT.

Dessa små inhemska möss är mer än söta, ungefär dubbelt så stora som den introducerade husmusen (Mus musculus). Deras kolpäls är mjuk och silkeslen, och de luktar riktigt gott också. Hanar luktar speciellt som rökig bränd vanilj; dessa djur har underbara, lugna temperament.

Under de senaste 12 månaderna har ett team från Museums Victoria Research Institute genomfört undersökningar för att leta efter överlevande fickor av den utrotningshotade muspopulationen med sikte på framtida återinförandeinsatser av möss som uppföddas i fångenskap.

För att stödja dessa pågående bevarandeinsatser, samarbetade DNA Zoo vid University of Western Australia med Museums Victoria Senior Curator of Mammals Kevin Rowe för att sekvensera ett världsförsta referensgenom med full kromosomlängd för djuret.

Skydda det vi har

Vi kan nu använda detta referensgenom för att informera om bevarandestrategi. Forskare kommer att kartlägga 70 individuella DNA-sekvenser från rökiga mus från hela djurets livsmiljöområde – i Grampians i västra Victoria till sydöstra New South Whales.

Att öka vår förståelse för levande vilda djur och ansvarsfullt förvalta tillgängliga resurser är bland de mest avgörande vetenskapliga och sociala utmaningarna vi står inför idag.

Trots stora tekniska framsteg finns det mycket vi inte vet om Australiens inhemska biologiska mångfald. Samtidigt hotas det i allt högre grad av skogsbränder, klimatförändringar, förstörelse av livsmiljöer, artexploatering och andra mänskliga relaterade aktiviteter.

Tack och lov kan vi använda genomik för att formulera en välgrundad bevarandestrategi. Det beror på att provtagning av genomisk mångfald kan ge oss en grundläggande förståelse för hur väl arten mår (vad biologer kallar "populationsfitness"). Med den kunskapen i handen kan vi bättre utforma bevarandeprogram.

Till exempel, i hotade arter med kraftigt reducerade populationer kan vi undvika inavel om vi använder genomiska data för att hjälpa till att utforma avelsprogram. På så sätt kommer djuren att ha färre gener som leder till för tidig död, och få ökad sjukdomsresistens.

Konsultation av de genetiska ritningarna

Att erhålla de genetiska ritningarna för australiensiska vilda djur kommer att skapa en kraftfull källa till upptäckter för att förbättra och öka ekosystemtjänsterna. Ett väl utformat ramverk för övervakning är avgörande för framgången på marken för bevarandeprogram.

Som en del av återhämtningsplanen för den rökiga musen har vi DNA-sekvenser från individer i Grampians, såväl som historiska prover som går tillbaka till 1934 från utdöda populationer i Otways och Far East Gippsland.

Grampians-proverna är av särskilt intresse. Det beror på att denna population är den mest isolerade, borttagen med cirka 350 kilometer från den närmaste kända befolkningen i Yarra Ranges i Central Highlands.

Sedan 2012 har Museums Victoria och partners fångat, märkt och samlat in prover – öronbiopsier och bajsspellets, som ingen av dem är skadlig för djuren – från mer än 200 rökiga möss i Grampians. Tack vare detta arbete har vi nu den mest talrika och kontinuerliga registreringen av arten i Victoria.

Dessutom har undersökningar av fångst och djurlivskamera på mer än 100 platser avslöjat rökiga muspopulationer lokaliserade till två områden mindre än 10 km från Victoria Range respektive Mt William Range.

Forskare kommer nu att leta efter genetiska ledtrådar om hur dessa djur höll i sig trots torka, invasiva rovdjur och betydande eld.

Det som är uppmuntrande är hur kraftfull teknologi – såsom genomsekvensering, bioinformatik och mer kombinerat tillsammans – nu hjälper oss att förstå och bevara biologisk mångfald. För första gången i historien kan vi snabbspåra och effektivt sekvensera arvsmassan hos våra unika inhemska australiensiska arter. + Utforska vidare

Död av ironi:Mysteriet med musen som dog av rökinandning, men som inte kom i närheten av en brand

Den här artikeln är återpublicerad från The Conversation under en Creative Commons-licens. Läs originalartikeln.