Med utvecklingen av genomsekvenseringsteknologier har många långa icke-kodande RNA (lncRNA) identifierats i frukt och grönsaker. Omfattande forskning om lncRNA har avslöjat deras roll i att reglera uttrycket av proteinkodande gener på både transkriptionell och post-transkriptionell nivå, och spelar därigenom avgörande roller för tillväxt, utveckling och stressreaktioner i frukt och grönsaker.
En ny recension publicerad i Horticulture Research ger en omfattande sammanfattning av den nuvarande förståelsen av bildandet, funktionella egenskaper och regleringsmekanismer för lncRNA i frukt och grönsaker.
Baserat på deras transkriptionsriktning och position i förhållande till proteinkodande gener, klassificeras lncRNAs i fyra typer:intergena lncRNAs (lincRNAs), långa icke-kodande antisense transkript (lncNATs), sense lncRNAs och intronic lncRNAs (incRNAs). I denna artikel beskrivs bildandet och de grundläggande egenskaperna hos lncRNA i frukt och grönsaker från tre aspekter:överflöd och storlek, struktur och lokalisering, sönderfall och evolution.
Rollerna för lncRNA i frukt och grönsaker har sammanfattats och diskuterats i nya forskningsrapporter, som täcker olika aspekter inklusive pigmentackumulering, utveckling av reproduktionsorgan, fruktmognad, såväl som svar på näringsbrist, salt, torka, temperatur och patogena bakterier .
Dessutom har författarna klarlagt de reglerande mekanismerna för lncRNA i gentranskriptionell reglering och alternativ splitsning, såväl som interaktionerna mellan lncRNA och växthormoner, transkriptionsfaktorer och miRNA.
Utvecklingen av high-throughput sekvenseringsteknologi har avsevärt förbättrat förmågan att upptäcka, förutsäga och identifiera lncRNA. Det finns dock fortfarande en brist på omfattande lncRNA-analysdata i växtdatabaser som hänför sig till lncRNA i frukt och grönsaker, vilket hindrar karakteriseringen av lncRNA-uttryck och lokalisering.
Dessutom utgör kostnaden förknippade med subcellulära lokaliseringsexperiment av lncRNAs, såsom FISH, en begränsning för lncRNA-studier, vilket understryker det akuta behovet av utveckling av mer överkomliga metoder för lncRNA-forskning.
Utforskningen av funktionen och mekanismen för lncRNA i frukt- och grönsaksgrödor är fortfarande i ett tidigt skede, och den snabba utvecklingen av teknologi kommer att ge nya möjligheter och genombrott för lncRNA-forskning inom frukt och grönsaker.
Mer information: Xiuming Zhao et al, Framväxande roller och mekanismer för lncRNA i frukt och grönsaker, Trädgårdskulturforskning (2024). DOI:10.1093/hr/uhae046
Journalinformation: Trgårdsbruksforskning
Tillhandahålls av Chinese Academy of Sciences
